A história de Puno está profundamente ligada às civilizações pré-incas que habitaram a região do Altiplano, especialmente as culturas Pucará, Tiahuanaco e, posteriormente, o Império Inca. Segundo a lenda, foi nas águas do Lago Titicaca que surgiram Manco Cápac e Mama Ocllo, fundadores da civilização inca, tornando a região sagrada para os povos andinos.
Durante o período colonial, Puno se desenvolveu como um importante centro comercial e religioso, influenciado pela mineração e pelas rotas comerciais do sul andino. Ao longo do tempo, a cidade consolidou-se como guardiã das tradições ancestrais, preservando rituais, danças e costumes que continuam vivos até hoje.